有性身份障碍的男孩在幼儿期就喜好穿女装、沉湎于女孩的游戏和活动,他们甚至厌恶自己的外生殖器,希望变成女孩,上学后会因此受到其他男孩的羞辱、嘲笑,并越来越被孤立。在青春期,女性化的举止会有所减轻,但有随访研究显示,1/3~2/3有性身份障碍的男孩在青春期中或以后表现出同性恋倾向。有性身份障碍的女孩喜欢穿男装、结交男伴,对洋娃娃没有兴趣,对体育运动和激烈争斗的游戏极为喜爱,不喜欢在游戏中伴女性角色,不愿乳房发育、来月经,甚至声称自己是男孩等。大部分在青春期会收敛对异性活动或服装的追求,同时仍有一部分保留男性性别的认同,逐渐显露出同性恋倾向。
在这类儿童中持续排斥本身性解剖结构的情况较少见,如: 女孩声称将要长出阴茎,立位小便,或男孩反复声称自己将发育成女人,阴茎和睾丸令人讨厌、最好没有。