JRA总体预后较好,给予适当处理后75%的病人不会严重致残,并发症主要是关节功能丧失而致残或因虹膜睫状体炎所致的视力障碍。当然JRA不同亚型预后不同;RF阴性JRA 80%~90%病儿预后良好,尽管其中一部分病儿长期处于活动状态,但较少发生关节功能残废。约有半数以上RF阳性JRA多关节型病人要发生永久性关节破坏和残废。全身型JRA病人经长期随访(7~10年)也有25%左右发生严重关节残废,虽然这些病儿RF均阴性。少关节Ⅰ型病人一般保留完好的关节功能,但有10%~20%病儿在疾病后期出现多关节炎表现,这部分人可能要出现关节破坏。少关节炎Ⅰ型病人中30%~50%要发生慢性虹膜睫状体炎,引起视力损害。少关节炎Ⅱ型病人预后不定,一部分人最终发展为慢性脊柱关节病,但一般不会严重丧失关节功能。
总而言之,JRA病人预后多数良好(约75%),最终缓解率高,不留残废,但就个例而言预后难测,有些人在历经数年缓解后在成人期偶尔也会出现复发。有研究认为IgM型RF阳性滴度越高预后越差。